BLAST+이용해서 16s rRNA ID 하기

로컬 BLAST 사용하기

로컬 환경에서 blastn을 사용하려면, NCBI BLAST+ 소프트웨어와 16S 데이터베이스를 설치해야 합니다.

1) 필요한 도구 설치

• BLAST+ 설치:
  • NCBI BLAST+는 NCBI 다운로드 페이지에서 운영 체제에 맞는 버전을 다운로드하고 설치
• 16S 데이터베이스 준비:
  • 직접생성 혹은
  • NCBI 데이터베이스를 다운로드:
    mkdir $HOME/blast_db

    cd $HOME/bast_db

    wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/16S_ribosomal_RNA.tar.gz

    tar -xzvf 16S_ribosomal_RNA.tar.gz

2) FASTA 서열 준비

동정 할 16s RNA fasta 파일.

내 경우엔 WGS sequencing 후 assembly된 fasta 파일

3) BLAST 실행

blastn -query my.fasta -db $HOME/blast_db/16S_ribosomal_RNA -out results.txt -outfmt 6

• 옵션 설명:
  • -query my.fasta: 동정할 균주의 fasta 파일.
  • -out results.txt: 결과를 저장할 파일 이름.
  • -outfmt 6: 결과 형식 설정 (표 형식 출력) 번호에 따라 출력물이 다르게 나오고 이것도 세부 설정 가능한데 추후... 덧붙일 예정

4) 결과 해석

• results.txt 파일에는 다음과 내용 순서대로 결과 출력(tab 분리):
   

  query_id / subject_id /  %identity /  alignment_length / mismatches / gap_opens / q_start / q_end / s_start / s_end / evalue / bit_score
• %identity가 높은 항목(일반적으로 >97% 이상)이 가장 가까운 종을 나타냅니다.
• 3번째 항목을 보면 됨
• 그런데 이 방법으로 했을 땐 NCBI에서 다운받은 dataset 의 이름이 균주로 나오지 않고 등록된 gene number로 표기
• 당장 급해서 결과를 excel에 붙여 넣은 뒤 gene number와 균주 명 추출 파일에서 함수로 ID를 붙였는데, 차차 해결해가면서 게시물 수정할 듯
• Blastn 사용한지 3년이 넘어가니 기억이 가물가물해서 chatGPT한테 사용법을 물어봤는데 생각보다 훌륭한 대답을 가져다 줘서 놀람