전체 글13 Roary 분석 후 phylogenetic tree 그리기 소소하게 몇십에서 몇백개 정도의 균주로 roary 분석을 종종 했었는데이번 논문을 준비하면서 4천개의 Staphylococcus aureus WGS를 분석할 일이 생겼다.일반 데스크탑에서 가능할 지 불안해하면서 실행했는데, 결과는 성공적!! 사실 phylogenetic tree만을 그릴 것이라면 *.gff파일이 필요한 roary의 분석이오히려 많은 시간을 소모하게 할 수도 있지만roary 분석 결과로 얻어지는 것이 많아 항상 분석을 수행한다. Roary 홈페이지에 보면 tree를 그리는 방법을 아래와 같이 설명하고 있다. Mafft에 대해서 roary는 very fast but less accurate 하다고 하고,FastTree 역시 정확도 보다는 속도를 중요시하는 느낌이 있는데 Mafft를 제외할 경.. 2025. 5. 14. NCBI의 SRA 다운로드(prefetch) 현직장에서는 ubuntu 컴퓨터에 유선인터넷을 설치해주지 않아window 컴퓨터로 대용량 SRA를 다운받아 외장하드로 ubuntu에 데이터를 옮겨 분석을 해야 한다. SRA를 자주 받을 것 같진 않아, 윈도우에서 SRA 다운로드 방법을 정리해놓는다.다운받은 SRA는 압축되지 않은 fastq파일 형태이고, gz압축은 우분투로 하는것이 편해서WSL기준으로 내용을 정리했다. 1. 먼저 SRA-toolkit을 설치해야 한다.아래 사이트에서 window용 zip 파일을 다운받아서 원하는곳에 압축을 푼다.https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit 02. Installing SRA ToolkitSRA Tools. Contribute to nc.. 2025. 4. 30. MinION Mk1D analysis 분석 컴퓨터 사양 summary는 제일 마지막에 있습니다. 2018년인가 2019년인가 MinION을 처음 접하고 분석했을 때 버전이 Mk1B였는데,최근 와서 다시 분석할 일이 있어 견적을 받으니 버전이 Mk1D였다. 처음 Mk1B를 분석하려고 세팅 할 때 linux를 써본 적도 없었는데지금은 리눅스와 윈도우 사용량이 반반이 될 정도로 연구분야가 달라졌다. 여튼 예전 기억으로 컴퓨터 사양은 CUDA 돌아가고 i7 cpu에 램 16기가 이상만 되면 되겠지 싶어먼저 Mk1D kit를 주문하고 교육 일정을 잡았다.(2021년 마지막 분석을 할 때 컴 사양이 i7-7700, GTX 1070 Ti, 램 32 G, 1 TB M.2 SSD였다.)그리고 교육전 준비사항을 전달받았는데,, 필요한 컴퓨터 사양이 너무 크게 오른 것이었다. .. 2025. 4. 16. BLAST+이용해서 16s rRNA ID 하기 로컬 BLAST 사용하기로컬 환경에서 blastn을 사용하려면, NCBI BLAST+ 소프트웨어와 16S 데이터베이스를 설치해야 합니다.1) 필요한 도구 설치BLAST+ 설치:NCBI BLAST+는 NCBI 다운로드 페이지에서 운영 체제에 맞는 버전을 다운로드하고 설치16S 데이터베이스 준비:직접생성 혹은NCBI 데이터베이스를 다운로드:mkdir $HOME/blast_dbcd $HOME/bast_dbwget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/16S_ribosomal_RNA.tar.gztar -xzvf 16S_ribosomal_RNA.tar.gz2) FASTA 서열 준비동정 할 16s RNA fasta 파일.내 경우엔 WGS sequencing 후 assembly된 fasta.. 2024. 12. 9. 이전 1 2 3 4 다음
