Ubuntu4 NCBI의 SRA 다운로드(prefetch) 현직장에서는 ubuntu 컴퓨터에 유선인터넷을 설치해주지 않아window 컴퓨터로 대용량 SRA를 다운받아 외장하드로 ubuntu에 데이터를 옮겨 분석을 해야 한다. SRA를 자주 받을 것 같진 않아, 윈도우에서 SRA 다운로드 방법을 정리해놓는다.다운받은 SRA는 압축되지 않은 fastq파일 형태이고, gz압축은 우분투로 하는것이 편해서WSL기준으로 내용을 정리했다. 1. 먼저 SRA-toolkit을 설치해야 한다.아래 사이트에서 window용 zip 파일을 다운받아서 원하는곳에 압축을 푼다.https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit 02. Installing SRA ToolkitSRA Tools. Contribute to nc.. 2025. 4. 30. BLAST+이용해서 16s rRNA ID 하기 로컬 BLAST 사용하기로컬 환경에서 blastn을 사용하려면, NCBI BLAST+ 소프트웨어와 16S 데이터베이스를 설치해야 합니다.1) 필요한 도구 설치BLAST+ 설치:NCBI BLAST+는 NCBI 다운로드 페이지에서 운영 체제에 맞는 버전을 다운로드하고 설치16S 데이터베이스 준비:직접생성 혹은NCBI 데이터베이스를 다운로드:mkdir $HOME/blast_dbcd $HOME/bast_dbwget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/16S_ribosomal_RNA.tar.gztar -xzvf 16S_ribosomal_RNA.tar.gz2) FASTA 서열 준비동정 할 16s RNA fasta 파일.내 경우엔 WGS sequencing 후 assembly된 fasta.. 2024. 12. 9. PDF를 word로 변환 출처 https://github.com/dothinking/pdf2docx #설치 pip install pdf2docx #test.pdf를 .docx로 변환 df2docx convert test.pdf test.docx #Graphic 모드 ##WSL에서 시도해봤을 때 실행되지 않음 pdf2docx gui 2023. 9. 8. 우분투에서 excel xlsx파일을 csv로 변환 #excel 파일을 csv로 변환 #우분투에서는 설치없이 사용 #wsl에는 libreoffice가 default가 아님#저장경로 설정 --outdir ./folder_namelibreoffice --invisible --convert-to csv filename.xlsx 2023. 3. 2. 이전 1 다음
