pangenome1 Roary 분석 후 phylogenetic tree 그리기 소소하게 몇십에서 몇백개 정도의 균주로 roary 분석을 종종 했었는데이번 논문을 준비하면서 4천개의 Staphylococcus aureus WGS를 분석할 일이 생겼다.일반 데스크탑에서 가능할 지 불안해하면서 실행했는데, 결과는 성공적!! 사실 phylogenetic tree만을 그릴 것이라면 *.gff파일이 필요한 roary의 분석이오히려 많은 시간을 소모하게 할 수도 있지만roary 분석 결과로 얻어지는 것이 많아 항상 분석을 수행한다. Roary 홈페이지에 보면 tree를 그리는 방법을 아래와 같이 설명하고 있다. Mafft에 대해서 roary는 very fast but less accurate 하다고 하고,FastTree 역시 정확도 보다는 속도를 중요시하는 느낌이 있는데 Mafft를 제외할 경.. 2025. 5. 14. 이전 1 다음
